Das ZDSF ist nicht direkt im Artenschutz tätig, seine Hauptaufgabe ist das Sammeln, Aufbereiten und zur Verfügung stellen von floristischen Daten (Farne und Blütenpflanzen). Auf Basis dieser Daten erarbeitet es Arbeitsinstrumente wie die Liste prioritärer Arten, die Rote Liste, Merkblätter oder aktuelle Verbreitungskarten.

Im Arten-/Biotopschutz tätig sind u. a. der Bund (BAFU [1] [2]), die Kantone (AFU – Kantonale Ämter für Umweltschutz Schweiz), die SKEW (Schweizerische Kommission für die Erhaltung von Wildpflanzen), Naturschutzorganisationen (z. B. Pronatura, WWF) oder auch Universitäten/Botanische Gärten welche regelmässsig beim ZDSF floristische Daten anfordern oder periodisch mit ihm austauschen.